摘要: 为在基因组水平上探讨琅琊鸡的遗传进化,试验以琅琊鸡与其他22个地方鸡品种资源及2个国外引进品种为研究对象,利用简化基因组测序(RAD-seq)鉴定25个品种基因组SNP,计算琅琊鸡的遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构,基于Fst选择信号检验方法,筛选受选择基因并进行功能富集分析。结果显示:在琅琊鸡群体中鉴定出299 648个SNPs,琅琊鸡的平均杂合度(Ho)为0.220,核苷酸多样度为0.266,近交系数为0.173;琅琊鸡与汶上芦花鸡、元宝鸡、天津猴鸡和狼山鸡聚为一类,亲缘关系较近。共筛选出113个受选择基因,受选择基因主要富集在谷氨酸受体活性、钙黏蛋白结合、4铁,4硫团簇结合、G蛋白偶联谷氨酸受体信号通路等生物学过程,主要参与柠檬酸循环(TCA循环)、代谢、类固醇激素生物合成等信号通路。研究表明,选择作用主要影响琅琊鸡的繁殖性状、适应性免疫和代谢等,结果为琅琊鸡的品种保护、鉴定评价及开发利用提供分子理论支撑。
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