中国家禽 ›› 2023, Vol. 45 ›› Issue (2): 15-19.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2023.02.003

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基于GBS简化基因组技术的我国家养雉鸡系统发育分析

陈 芳1,吴 琼1*,涂健峰2,覃健峰1,郑德滨1,向仕玺1,高 荣1   

  1. (1.龙岩学院生命科学学院,福建龙岩 364012;2.中国农业科学院特产研究所,吉林长春 130112)
  • 发布日期:2023-02-21
  • 作者简介:陈芳(2000-),女,本科生,专业方向为动物科学,E-mail:chfchen0926@qq.com

  • Published:2023-02-21

摘要: 为分析我国家养雉鸡遗传背景和起源进化关系,采用高通量简化基因组测序方法对我国家养6个雉鸡群体(美国七彩雉鸡、蒙古雉鸡、黑化雉鸡、白羽雉鸡、绿雉鸡、申鸿七彩雉)的分类起源关系进行分析。结果表明:获得雉鸡 Clean base 数据分别为 330.44×106 Gb,340.64×106 Gb,348.50×106 Gb,291.67×106 Gb,286.44×106 Gb 和 324.98×106 Gb,Q20≥92%、Q30≥85%,GC分布正常,共挖掘到50 078个有效SNP位点。通过系统进化树、主成分和群体遗传结构分析,6个雉鸡种群可分为两大类,申鸿七彩雉、黑化雉鸡、白羽雉鸡、绿雉鸡和美国七彩雉鸡为一类,蒙古雉鸡单独为一类。研究揭示家养雉鸡种群在长期的养殖过程中存在基因交流。

关键词: 雉鸡;GBS;SNP;遗传多样性;系统发育

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