中国家禽 ›› 2022, Vol. 44 ›› Issue (10): 8-13.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2022.10.002

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黑羽番鸭肌肉TNNI2基因的克隆及生物信息学分析

葛丽岩,胡志刚,张慧林,刘小林*   

  1. (西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌 712100)
  • 发布日期:2022-10-14
  • 作者简介:葛丽岩(1995-),女,硕士研究生,研究方向为动物遗传育种与繁殖,E-mail:a13149600612@163.com

  • Published:2022-10-14

摘要: 为研究黑羽番鸭快骨骼肌亚型肌钙蛋白I2(Troponin I2,fast skeletal type,TNNI2)基因的 CDS 区序列特征,试验以 30 胚龄黑羽番鸭的胸肌和腿肌为材料,提取 RNA 反转录得到 cDNA,利用 PCR 技术扩增黑羽番鸭 TNNI2 基因的编码区序列,运用生物信息学工具分析 TNNI2蛋白质的理化性质及结构。结果显示:TNNI2基因编码区长552 bp,共编码183个氨基酸,该蛋白分子式为C908H1520N274O281S11,不存在信号肽,是定位于核的亲水性不稳定蛋白;TNNI2基因编码的氨基酸序列与绿头鸭、凤头潜鸭、棕硬尾鸭、鸡、人、猪、牛、马、家鼠、斑马鱼等 10 个物种的氨基酸序列相似性分别为 99%、99%、99%、97%、82%、82%、81%、81%、81%、65%;系统进化分析发现,黑羽番鸭与绿头鸭的遗传距离最近,与斑马鱼遗传距离最远。研究获得黑羽番鸭TNNI2基因编码区,片段长度为552 bp,预测TNNI2蛋白分子量为2.11 ku,结果为进一步探索TNNI2基因对黑羽番鸭生长性状的分子机制奠定理论基础。

关键词: 黑羽番鸭;TNNI2;克隆;生物信息学

中图分类号: