中国家禽 ›› 2022, Vol. 44 ›› Issue (3): 17-22.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2022.03.003

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鸡MAPK8生物信息学分析及慢病毒 干扰载体效率检测

胡菜1,王颖洁1,靳锴2,吴宇慧1,赵宗仪1,李熠3,张亚妮1,2*   

  1. (1.扬州大学动物科学技术学院, 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室,江苏扬州 225009; 2.扬州大学,教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室,江苏扬州 225009; 3.温州肯恩大学理工学院,浙江温州 325000)
  • 发布日期:2022-03-24
  • 作者简介:胡菜(1997-),女,硕士研究生,研究方向为家禽遗传育种,E-mail:2295451553@qq.com

  • Published:2022-03-24

摘要: 研究旨在对鸡胚胎干细胞(Embryonic stem cell,ESC)向鸡精原干细胞(Spermato?gonial stem cells,SSC)分化过程中显著差异基因——丝裂原活化蛋白激酶8(Mitogen-activatedprotein kinase 8,MAPK8)进行生物信息学分析,验证MAPK8慢病毒干扰载体活性及干扰效率,为后期验证MAPK8在ESC向SSC分化过程中的调控方式以及功能研究奠定基础。试验采用RNA-seq和qRT-PCR分析和检测鸡ESC、PGC和SSC的差异表达基因;利用生物信息学在线预测软件对其进行理化性质及结构特征分析;比较鸡MAPK8基因序列与其它物种的同源性并进行组织表达谱检测;验证MAPK8慢病毒干扰载体的活性与干扰效率。结果显示:MAPK8在SSC上特异高表达;生物信息学分析显示鸡MAPK8是一种亲水性的无信号脂溶性蛋白,存在2个N-糖基化位点、13个O-糖基化位点和45个磷酸化位点,与其它物种高度同源(序列一致性达到80%),保守性较高;表达谱分析发现其在性腺中高表达;MAPK8慢病毒干扰载体能够稳定表达EGFP荧光蛋白且shRNA-1干扰效率最佳。该结果为深入探究MAPK8在鸡ESC向SSC分化过程中的功能奠定了基础。

关键词: 鸡;MAPK8;生物信息学分析;慢病毒干扰载体

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