中国家禽 ›› 2020, Vol. 42 ›› Issue (5): 24-29.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2020.05.005

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不同鸡种TAP1基因SNPs和INDEL比对分析

陈博雯*,仇玲玲*,万 方,王洪志,张 扬,王志秀,陈国宏,常国斌**   

  1. (扬州大学动物科学与技术学院,江苏扬州 225009)
  • 发布日期:2021-12-02
  • 作者简介:陈博雯(1992-),女,硕士研究生,研究方向为动物遗传育种与繁殖,E-mail:1061806859@qq.com;仇玲玲(1991-),女,博士研 究生,研究方向为动物遗传育种与繁殖,E-mail:better_llqiu@163.com

  • Published:2021-12-02

摘要: 为探究抗原加工相关转运体1(TAP1)基因在不同鸡种中的遗传多样性及其进化 机制,采用目标序列捕获测序技术对29个不同鸡种TAP1基因的序列进行比对分析。结果显 示:在 29 个鸡种中共有 270 个单核苷酸多态性(SNPs),其中 TAP1 基因外显子中共有 116 个 SNPs,主要发生在外显子9和外显子1上,分别占突变核苷酸总数的25%和24%;引起非同义 突变的SNPs共有82个,突变最多的是A/G,氨基酸同源性高于核苷酸;所有29个鸡种中都存 在SNPs,快大型青脚麻鸡和红色原鸡在外显子上具有最多的SNPs,发生碱基缺失的鸡种包括 固始鸡、安卡鸡、斗鸡罗斯鸡杂交品种、绿壳蛋鸡、来航鸡,其中固始鸡缺失片段最长。TAP1基 因在不同鸡种中存在高度变异性,说明这种多样性对于鸡抗病性具有重要作用,研究结果也 为鸡的抗病育种提供了参考。

关键词: 鸡MHC;TAP1基因;SNPs;INDEL

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