摘要： 为探究鸡IFIT5基因多态性，预测其蛋白质的结构并分析功能特征，采用PCR技术 对IFIT5的CDS进行扩增，并结合多种生物信息学等方法对蛋白的理化性质及蛋白结构功能进 行系统性预测分析。结果显示：通过PCR成功克隆了IFIT5外显子2的CDS区域，测序结果为 1 411 bp；经分析得到完整的IFIT5 CDS区为1 440 bp，共编码479个氨基酸，测序比对结果准 确。IFIT5蛋白为不稳定的、小分子的、非分泌型的亲水蛋白，且具有磷酸化和糖基化位点； 二级结构主要以α-螺旋为主，结构域以TPR结构域为主。研究发现了12个SNP，其中SNP1 （g.405 G>A）和SNP9（g.1 124 G>A）在原鸡为A，在家鸡中已固定为G；只有SNP8（g.110 8 A>G） 和 SNP12（g.1 273 A>G）位点具有中度多态性，其他位点是低度。12 个 SNP 位点中存在 4 个 nsSNP位点（D370N、Y375C、N402K和G425R）。其中D370N、Y375C和N402K位点被预测为有 害性位点；并且D370N和N402K突变可能改变相关氨基酸的氢键数目和蛋白的高级结构，进 而影响蛋白的结构和功能。这些nsSNP位点，特别是D370N和N402K可尝试作为鸡先天免疫 的候选分子标记，为遗传资源的保护及抗病性分子育种提供理论依据。

关键词: 鸡；IFIT5基因；多态性；蛋白质结构；生物信息学分析

中图分类号: 

• S831.2