中国家禽 ›› 2021, Vol. 43 ›› Issue (7): 18-27.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2021.07.003

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肠炎沙门菌感染鸡lncRNA表达谱分析

张琪,张锦,王杰,郑炬梅,李庆贺,郑麦青,文杰,赵桂苹*   

  1. (中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193)
  • 发布日期:2021-07-12
  • 作者简介:张琪(1996-),女,硕士研究生,研究方向为家禽遗传育种,E-mail:2541190380@qq.com

  • Published:2021-07-12

摘要: 研究旨在分析鸡感染肠炎沙门菌后长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱,了解 lncRNA在肠炎沙门菌感染过程中发挥的作用。通过提取脾脏组织总RNA进行高通量测序, 利用生物信息学方法进行比较分析。根据差异显著的lncRNAs与mRNAs之间的位置关系预测 lncRNAs顺式调控的邻近基因,并对邻近基因进行GO富集和KEGG分析,预测lncRNA的功 能。结果显示:在肠炎沙门菌感染过程中共鉴定到2 911个lncRNAs,差异表达分析后共筛选到 117个差异表达的lncRNAs(DE-lncRNA),随机抽取7个差异表达的lncRNAs进行实时荧光定 量验证,在所有差异表达的lncRNAs中有5个(4.27%)在差异表达mRNA附近被转录,lncRNA TCONS_00375517被预测与多个防御素家族基因DE-mRNAs之间可能存在顺式调控作用。结果 提示lncRNA可能参与调控鸡抗沙门菌的免疫反应。

关键词: 鸡;肠炎沙门菌;lncRNA;免疫反应

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