基于NCBI数据库的禽源H5N2 AIV的HA基因进化分析

doi:10.16372/j.issn.1004-6364.2021.02.006

中国家禽 ›› 2021, Vol. 43 ›› Issue (2): 32-38.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2021.02.006

基于NCBI数据库的禽源H5N2 AIV的HA基因进化分析

李素华^1*，季佳¹，李钰萍¹，刘强¹，段博芳²，代红炀³，张文东²，宋建领⁴，郭爱伟¹，王雯慧¹，尹红斌⁵

（1.西南林业大学生命科学学院，云南昆明650224； 2.云南省动物疾病预防控制中心，云南昆明650034； 3.会泽黑颈鹤国家级自然保护区管护局，云南曲靖654200； 4.云南省热带亚热带动物病毒病重点实验室，云南昆明650224； 5.云南省动物卫生监督所，云南昆明650021）

发布日期:2021-02-08
作者简介:李素华（1980-），女，博士，副教授，主要从事野生动物疫源监测研究，E-mail：li.suhua@hotmail.com

Published:2021-02-08

摘要/Abstract

摘要： 为了解H5N2亚型禽流感病毒（Avian influenza virus，AIV）的血凝素蛋白（Hemag? glutinin，HA）系统进化特征，借助NCBI influenza virus resource数据库，下载禽源A型流感病毒（Influenza A Virus，IAV）H5N2亚型HA 核酸序列，分析毒株的宿主、分离时间等特征，并构建 HA蛋白的遗传进化树，分析其系统发生。结果显示：NCBI数据库收录的H5N2 AIV的HA 核酸序列1 272条，序列在NCBI发布时间集中于2005—2007年、2011年、2014—2016年；582条序列为野禽来源，宿主主要分布于雁形目、鸡形目和鸻形目的野禽。系统发生分析结果表明： H5N2 AIV的HA蛋白可聚类为亚欧谱系及北美谱系两大分支，前者可分为三个亚系，后者可分为两个亚系。研究结果呈现了H5N2 AIV HA 基因在时间及空间上的进化特征，为H5N2 AIV引起的疫病预警和防控提供理论基础。

中图分类号:

S855.3

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