中国家禽 ›› 2024, Vol. 46 ›› Issue (12): 15-23.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2024.12.003

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也迷离鸡线粒体全基因组序列特征及系统发育分析

许 赫1,李甜甜1,张 洁1,李莹莹1,朱荷青1,梁千千1,董华娇1,荣旭冉1,杨素荣1,赵全庄2,韩吉龙1*,杨 敏1*   

  1. (1.石河子大学动物科技学院,新疆石河子 832000; 2.额敏县恒鑫实业有限公司国家伊犁鹅保种场,新疆塔城 834600)
  • 出版日期:2024-12-15 发布日期:2024-12-18
  • 作者简介:许赫(1998-),男,硕士研究生,研究方向为动物遗传育种,E-mail:XuheSHZU@outlook.com

  • Online:2024-12-15 Published:2024-12-18

摘要: 为揭示也迷离鸡线粒体全基因组特征,并探讨也迷离鸡起源驯化,研究利用Illu? mina Nova Seq 6 000二代测序技术,获得完整的也迷离鸡全基因组测序信息,将原始数据进行 质控过滤,并经 MitoZ v3.4软件组装注释成完整的线粒体基因组。从 EBI数据库下载 37个国 内外不同品种鸡及鹌鹑的线粒体全基因组DNA序列,基于Mega-X软件邻接法(Neighbor-Join? ing,NJ)构建系统发育树。结果显示:也迷离鸡线粒体基因组全序列长度为16 790 bp,包括13个 蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区(D-loop区)。线粒体基因 组中核苷酸比例为T(23.70%)、C(32.50%)、A(30.30%)、G(13.50%),AT-skew>0,GC-skew<0。系 统发育分析显示,也迷离鸡与红原鸡及来航鸡的亲缘关系较近。结果表明,也迷离鸡在驯化 过程中可能导入原鸡血液,存在来航鸡等商业鸡的基因渗入。

关键词: 也迷离鸡;线粒体基因组;序列特征;系统发育

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