中国家禽 ›› 2023, Vol. 45 ›› Issue (6): 36-42.doi: 10.16372/j.issn.1004-6364.2023.06.006

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鸡MDA5的序列分析与结构域预测

庄海彬1,李伟强1,黄小武2,叶芷羽1,丘林峰1,林宏文3,宋亚婷1,丁仰保1,黄鉴妮4*,焦培荣1*   

  1. (1.华南农业大学兽医学院,广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室,广东广州 510642;2.柳州市动物疫病预防控制中心,广西柳州 545006;3.通辽市扎鲁特旗动物疫病预防控制中心,内蒙古通辽 029100;4.广西大学动物科学技术学院,广西南宁 530004)
  • 发布日期:2023-06-09
  • 作者简介:庄海彬(1999-),男,本科生,专业方向为动物病毒学与免疫学,E-mail:zhuanghaibin20@163.com

  • Published:2023-06-09

摘要: 为了解鸡黑色素瘤分化相关基因-5(Melanoma differentiation-associated protein 5,MDA5)的序列和结构域,试验使用PCR方法扩增了鸡MDA5基因并构建真核表达质粒,实现了鸡MDA5蛋白的真核表达,同时利用MegAlign等软件对鸡MDA5氨基酸序列进行分析。结果显示:鸡MDA5全长3 006 bp,编码1 001个氨基酸;鸡MDA5与人、猕猴、野猪、小鼠、绿头鸭、灰雁、鸿雁、鲫鱼、草鱼的氨基酸相似性分别为 62.4%、62.9%、62.7%、64.1%、86.8%、87.3%、87.4%、48.1%、46.3%;鸡MDA5与鸟类进化关系较近,与哺乳动物次之,与鱼类进化关系较远;鸡MDA5由N端两个半胱天冬酶激活招募结构域、DExD/H box RNA解旋酶结构域和C端结构域组成;鸡MDA5二级结构包含α螺旋(50.95%)、延伸链(11.19%)、β转角(3.9%)和无规则卷曲(33.97%),三级结构与人MDA5类似,在空间上呈现半闭合环状结构。研究成功鉴定了鸡MDA5基因,分析了其基因序列并预测其结构域,为深入研究鸡MDA5结构与功能及其在鸡抗病毒天然免疫应答中的作用奠定基础。

关键词: 鸡黑色素瘤分化相关基因-5;基因克隆;序列分析;结构域预测

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