摘要： 试验旨在揭示瑶鸡2个群体YA（贵州瑶山鸡）和YB（南丹瑶鸡）之间的遗传距离 和亲缘关系，为培育市场需求的瑶鸡配套系提供参考和帮助。从YA和YB群体中分别随机抽 取25只鸡，利用“京芯一号”鸡55K芯片对瑶鸡2个群体的亲缘关系进行遗传分析。通过主成 分分析，瑶鸡 2 个群体个体随机聚在一起，没有出现明显的分别聚类现象，遗传背景相似。 G矩阵和IBS矩阵表明瑶鸡2个群体大多数个体间亲缘关系较远。使用邻接（Neighbor-Joining， NJ），基于IBS遗传距离分析结果对2个群体样本进行聚类，结果表明YA和YB分别聚为一大 类，说明两个群体遗传距离较远，群体间亲缘关系相对较远。瑶鸡2个群体基于长纯合片段 （Runs of homozygosity，ROH）的平均近交系数（FROH）为0.031 21，YA和YB群体近交系数分 别为 0.032 75 和 0.029 66，近交系数都很低。瑶鸡 YA、YB 群体的期望杂合度（He）分别为 0.388 9、0.388 3，YA和YB群体观察杂合度（Ho）分别为0.400 1、0.400 3，说明瑶鸡两个群体的 遗传多样性较低，群体的选育程度较高，整齐度较好。综合分析表明，瑶鸡两个群体近交系数 很低，亲缘关系较远，遗传多样性较低。

关键词: 鸡；亲缘关系；SNP芯片；遗传结构；近交系数

中图分类号: 

• S831.2