摘要： 为进一步探索不同内源性禽白血病病毒 3（Avian leukosis virus subgroup E， ALVE3）插入个体间的转录本差异，研究利用PacBio三代测序平台对ALVE3无插入、杂合插入 和纯合插入的白来航公鸡血液样本进行全长转录组测序，分别获得 27 784、38 460、44 487 条 转录本，平均长度分别为 2 850 bp、3 078 bp和 3 166 bp，辅助二代测序数据对其进行校正和 定量，并将所得数据与GRCg6a参考基因组比对，将比对到基因组上的转录本进行差异表达分 析及 lncRNA 预测。结果显示，在有 ALVE3插入个体中特异存在的转录本有 3 657条，将这些 转录本利用 BLAST 与 ALVE3 全长序列比对，发现转录本 Novelgene1474_novel01 与 ALVE3 互 补链对应序列高度同源，长度为5 575 bp，说明ALVE3互补链能够产生转录本，对其翻译潜能 进行预测后，推测该转录本为 lncRNA。此外对不同 ALVE3插入情况个体间的差异表达基因 进行富集分析，在GO/KEGG中富集到多条免疫相关通路，说明ALVE3的插入可能对机体内免 疫相关基因的表达有影响。研究表明，检测到ALVE3反义链可转录产生一段长为5 575 bp的 lncRNA，该转录本在介导先天免疫通路中可能发挥作用。

关键词: 鸡；内源性禽白血病病毒；全长转录组测序

中图分类号: 

• S831.2